El SGC del Instituto Universitario de Sanidad Animal y Seguridad Alimentaria (IUSA) sigue el Sistema de Garantía de Calidad Marco de los Centros de la ULPGC, aprobado por Consejo de Gobierno el 4 de junio de 2008. Posteriormente fue modificado para su adaptación a las cualidades del IUSA y evaluado positivamente por parte del Gabinete de Evaluación Institucional (GEI) del Vicerrectorado de Calidad e Innovación Educativa (VCIE) para ser presentado a la tercera convocatoria AUDIT para centros de la ULPGC.

El 7 de Abril de 2011 se recibe del VCIE el informe elaborado por la ANECA que emite Valoración Positiva, a partir de esa fecha se hace constar que el SGC del IUSA ha sido evaluado y encontrado conforme con las normas y directrices del vigente programa AUDIT en su versión R01.

El documento básico del SGC del IUSA es el Manual del Sistema de Garantía de Calidad (MSGC), que se completa con un Manual de Procedimientos del Instituto Universitario y otro de Procedimientos Institucionales.